หลังจากโมโตจิกะได้ครองเกาะชิโกกุมาได้ปีกว่า ๆ และเมื่อถึงพ.ศ. 2127 หายนะก็เข้ามาสู่ดินแดนของเขา โทโยโตมิ ฮิเดโยชิได้นำทัพมาร่วมแสนนายเข้าบุกเกาะชิโกกุ โดยมีทหารจากตระกูลโมริ 30,000 นาย และอยู่ภายใต้ของขุนพลฮาชิบะ ฮิเดงานะ อีก 60,000 นาย โมโตจิกะเห็นว่าไม่สามารถสู้กองกำลังที่เหนือกว่ามากได้จึงยอมจำนน และฮิเดโยชิก็เอาแคว้นอิโยะ อาวะ และซานูกิไป แต่ยังให้โมโตจิกะครอบครองแคว้นโทซะไว้อย่างเดิม หลังจากนั้นอีก 3 ปี พ.ศ. 2130 โมโตจิกะก็ถูกฮิเดโยชิเรียกตัวไปทำศึกเพื่อยึดครองเกาะคีวชู รบกับตระกูลชิมาซุในศึกเฮซึงิงะวะ กองทัพของฮิเดโยชิและพันธมิตรถูกทำลาย ลูกชายคนโปรดของโมโตจิกะ โชโซกาเบะ โนบูจิกะ ได้ตายในสนามรบ ฮิเดโยชิหวังจะปลอบโมโตจิกะโดยยกเขตโอซูมิให้เป็นการทดแทน แต่โมโตจิกะปฏิเสธอย่างสุภาพไป ใน พ.ศ. 2133 ที่ศึกปราสาทโอดาวาระ โมโตจิกะได้เป็นคนนำทัพเรือมาสนับสนุนให้ฮิเดโยชิ และอีก 2 ปีต่อมา ก็นำทหารจำนวน 3,000 นายเข้าบุกเกาหลีใต้